1、税率不同
小规模需要按照3%的税率来计算增值税，或者是出售不动产征收的税率为5%;一般纳税人的公司会根据公司销售的货物，提供的劳务来使用不同档次的税率，税率分别为13%、10%、9%、6%，涉及到出口货物可能会有零税率或者是退税的政策。
2、税收优惠政策不同
小规模纳税人规定了季度销售额在30万元以内，可以免征增值税，另外城建税、印花税、房产税等税费还可以减征;一般纳税人类型的公司无法享受到这些税率方面的优惠政策。
3、发票使用不同
小规模纳税人不管是取得的增值税普通发票还是增值税专业发票都不能抵扣增值税;一般纳税人在获得增值税专业发票时，可以抵扣进项税，所以都会尽量要供应商开具增值税专业发票，普通发票无法完成抵扣，从而会增加公司的运营成本。
4、账务处理不同
小规模纳税人类型的公司记账报税相对宽松;一般纳税人记账报税非常严格，必须要按照国家统一的会计制度来设置账本。
5、性质不同
小规模纳税人是指年销售额在规定标准以下，并且会计核算不健全，不能按规定报送有关税务资料的增值税纳税人;一般纳税人是指年应征增值税销售额超过财政部规定的小规模纳税人标准的企业和企业性单位。
6、应交税金计算方式不同
一般纳税人按销项税额与进项税额的差额进行纳税;而小规模纳税人按照销售额乘以增值税征收率计算应交增值税税额。